分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)1.3 綠色免費版

關(guān)于分子和晶體這些想必大多數(shù)網(wǎng)友都不是很了解吧。因為這個詞匯太專業(yè)了，那么化學(xué)專業(yè)的網(wǎng)友應(yīng)該對這個很了解。分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)是對分子和晶體的結(jié)構(gòu)進行編輯和操作的強大工具，它可以幫助人們解決在進行理論和計算化學(xué)研究時模型構(gòu)造中所遇到的困難。接下來，詳細的介紹一下。

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)有什么功能

（一）晶體坐標(biāo)變換
(1)晶體的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成直角坐標(biāo)。
(2)晶體的直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成分?jǐn)?shù)坐標(biāo)。
(3)生成向ａ,ｂ,ｃ三個方向堆積i,j,k個晶胞的全部分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
(4)生成按照給定對稱性關(guān)系得出的所有相關(guān)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
(5)按照空間群的對稱性由不等價原子推出一個晶胞內(nèi)所有原子的坐標(biāo)。
(6)查看空間群信息，包括國際空間群符號，Schonflies標(biāo)記，晶系，Wyckoff位置以及所有對稱性等價位置等。
(7)自動轉(zhuǎn)換*.cif文件：從*.cif文件中讀取選定結(jié)構(gòu)，然后自動將其轉(zhuǎn)換成包含一個完整晶胞的坐標(biāo)文件。
（二）分子坐標(biāo)變換
(1)按照指定對稱操作任意平移、旋轉(zhuǎn)、反映或反演當(dāng)前的坐標(biāo)。
(2)將一組坐標(biāo)的中心平移到原點。
(3)判斷分子的點群，并顯示主要對稱元素（如旋轉(zhuǎn)軸的軸向矢量，對稱面的法向矢量等等）。
(4)自動調(diào)整分子取向，包括：
1)自動將分子的主軸調(diào)整到x,y,z軸上。
2)自動將分子的自定義的某個軸調(diào)整到自定義的另外一個軸上。
（三）各種文件格式的轉(zhuǎn)換
(1)可導(dǎo)入的直角坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
XYZ Coordinate (*.xyz)
Brookhaven PDB Files (*.pdb,*.ent)
Crystallographic Information Files (*.cif)
MDL MOL Files (*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
InsightII CAR Files (*.car)|*.car
Cambridge Crystallographic (*.csd,*.fdat,*.dat)
Quanta Files (*.msf)
Sybyl MOL2 Files (*.mol2)
Cerius2 Files (*.msi)
Catalyst Files (*.cpd)
Catalyst Query Files (*.chm)
MDL Sketch (*.skc)|*.skc
InsightII Grid Files (*.grd)
DS ViewerPro Files (*.msv)
(2)可導(dǎo)入的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
Crystallographic Information Files (*.cif)
(3)可導(dǎo)出的直角坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf)
XYZ Coordinate (*.xyz)
Brookhaven PDB Files (*.pdb,*.ent)
MDL MOL Files (*.mol,*.sdf,*.sd,*.mdl)
Catalyst Files (*.cpd)
Catalyst Query Files (*.chm)
VRML World Files (*.wrl)
Smiles Files (*.smi)
GIF Files (*.gif)
JPEG Files (*.jpg)
DS ViewerPro Files (*.msv)
(4)可導(dǎo)出的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)文件格式有：
Gaussian Job Files (*.gjf) 

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)有什么特點

（一）自動識別點群 
象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動識別點群的功能，而GaussView的3.07以來的版本已經(jīng)增加了此項功能，但是其準(zhǔn)確程度令人擔(dān)憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對稱性，例如它往往無法判斷出高于6重軸的對稱性，如碳管(7,7)，GaussView給出的點群是C2h，而實際是D7d；又比如碳管(5,5)，它認(rèn)為其點群是C5，而實際是D5d。
可見自己動手寫一個自動識別點群的程序是很具有挑戰(zhàn)性的，于是我就寫了這樣的程序，現(xiàn)在正好把它集成到Cartes軟件里來了。
（二） 自動調(diào)整分子取向
自動將分子的主軸調(diào)整到x,y,z軸上。
自動將分子的自定義的某個軸調(diào)整到自定義的另外一個軸上。
（三）對稱操作矩陣自動生成向?qū)?br/>在進行對稱操作時，原先需要自行輸入變換矩陣，這往往要求用戶自己推求矩陣元，因而極為不方便。
現(xiàn)在我加入了對稱操作矩陣自動生成向?qū)�，可以十分方便地按照對稱變換自動生成變化矩陣。我想這是一個令人振奮的改進！
（四）通過空間群自動添加操作矩陣
嚴(yán)格按照各個空間群的對稱性關(guān)系自動來添加對稱操作矩陣，這應(yīng)該是繼對稱操作矩陣自動生成向?qū)е�后又一個明顯方便有效的改進。
（五）多種文件格式的兼容和互轉(zhuǎn)
如果有可能的話，以后我還會兼容其他文件格式——比如Gaussian等量化軟件的out文件等等。
（六） 語言切換
有中文和英文兩種語言的支持。
（七） Office XP界面
另外還采用了真彩色菜單的技術(shù)，進一步美化了界面。
（八） 綠色軟件
無需安裝，直接運行，不產(chǎn)生垃圾文件，不對注冊表進行操作。 
關(guān)于對稱操作的使用 
當(dāng)選擇“對稱操作”后，會彈出一個輸入對稱性操作矩陣的面板，對稱性操作矩陣的格式和意義如下：
每一個對稱性相關(guān)矩陣必須以%（表示該對稱性相關(guān)矩陣對分?jǐn)?shù)坐標(biāo)進行操作，其平移量采用分?jǐn)?shù)坐標(biāo)的單位）或#（表示該
對稱性相關(guān)矩陣對直角坐標(biāo)進行操作，其平移量采用以埃為單位）開頭，換行或空格后，就輸入對稱性相關(guān)矩陣，格式為：
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2 
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的單位由標(biāo)識符‘%’和‘#’指明（含義見上），對于同一個輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。 

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)怎么用

分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標(biāo)編輯器(Cartes)使用技巧

1、只將部分方向上的坐標(biāo)進行轉(zhuǎn)換：
可以通過設(shè)置特定的晶胞參數(shù)值來實現(xiàn)。
例如：只讓x直角坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，y、z坐標(biāo)仍保持直角坐標(biāo)不變：
可以取a=a, b=1, c=1, alpha=90, beta=90, gamma=90
又如：只讓A和B分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)化成直角坐標(biāo)，C坐標(biāo)仍保持分?jǐn)?shù)坐標(biāo)不變：
可以取a=a, b=b, c=1, alpha=90, beta=90, gamma=gamma
其余情況同理設(shè)置。
2、生成按照給定對稱性關(guān)系得出的所有相關(guān)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)或直角坐標(biāo)。
如果既要演化出對稱性相關(guān)的坐標(biāo)，又要保持原有坐標(biāo)不變（通常情況下確實如此），就應(yīng)該將第一個對稱性相關(guān)矩陣設(shè)為恒等陣，即：
%
1 0 0 0
0 1 0 0
0 0 1 0
然后再接著輸入給定對稱操作對應(yīng)的對稱性相關(guān)矩陣即可。
3、按照指定需要任意平移、旋轉(zhuǎn)、反映或反演當(dāng)前的坐標(biāo)：
只寫相應(yīng)操作的對稱性相關(guān)矩陣即可，但最好用對直角坐標(biāo)進行操作的方法（因為對分?jǐn)?shù)坐標(biāo)的操作會受到
晶體對稱元素的限制），如反演原先晶胞，再沿y方向平移1.8埃就可以寫為：
#
-1 0 0 0
0 -1 0 1.8
0 0 -1 0
4、DOS下命令行方式
(1) 在DOS下打開文件
命令行輸入：cartes 輸入文件名
(2) 查看本使用幫助文件：
命令行輸入：cartes /?